Développement de nouveaux outils génomiques pour l’amélioration de la qualité de viande et des performances chez le porc 

Chargés de projet

  • Brian Sullivan, Centre canadien pour l’amélioration des porcs inc. (CCAP), Ottawa (Ontario) 
  • Mohsen Jafarikia, Centre canadien pour l’amélioration des porcs inc. (CCAP), Ottawa (Ontario)

Objectif du projet

Mettre au point de nouveaux outils génomiques afin d’améliorer les caractères relatifs à la qualité de la viande, tout en rehaussant la différentiation de la viande de porc  et en améliorant l’efficacité de la production porcine   


Résumé du projet

Le Centre canadien pour l’amélioration des porcs inc. (CCAP) et les organisations génétiques du secteur canadien du porc collaborent dans le but d’évaluer un nouvel outil génomique, le panel de 60 k SNP (polymorphisme de nucléotide simple), accessible à l’industrie canadienne du porc depuis janvier 2009. Le panel SNP et ses applications pratiques sont présentement en évaluation auprès des principales races porcines du Canada. Deux essais ont été menés en station d’épreuve : les tests 27 (avril 2010) et 28 (novembre 2010). À leur entrée en station d’épreuve, les porcs étaient évalués pour leur croissance, leur conversion alimentaire, leur comportement à la mangeoire ainsi que leur conformation. Des mesures détaillées relatives à la qualité de la viande étaient également prises et les animaux  étaient génotypés à l’aide du panel de 60 k SNP. Des mesures biochimiques connexes ont également été prises. De plus, on a recueilli – et on continuera à recueillir – dans les fermes des éleveurs participants des données phénotypiques sur des sujets apparentés aux porcs testés en station (de façon particulière : les pères, les mères ainsi que les frères et sœurs propres) et des échantillons d’ADN, ce qui nous permettra d’augmenter la taille de la population-ressource et nous fournira des données additionnelles pour des analyses génomiques plus poussées.  

Il s’agit d’une occasion unique fournie par la Grappe agro-scientifique porcine de monter une équipe de travail dont le sujet d’intérêt particulier est la mise au point de nouveaux outils génomiques destinés à améliorer les caractères relatifs à la qualité de la viande, tout en rehaussant la différentiation de la viande de porc et en améliorant l’efficacité de la production porcine. Cela s’avèrera particulièrement utile pour les caractères difficiles ou onéreux à mesurer, comme ceux qui sont reliés à la qualité de la viande. 


Réalisations importantes

Plus de 6900 échantillons de tissus ont été recueillis en station ou à la ferme : 706 échantillons sanguins et 314 de semence ainsi que 1280 étiquettes d’oreille et 4622 de queue ont été envoyés à DNA LandMarks inc. pour entreposage au dépôt d’échantillons d’ADN. Les génotypes 60 k des 631 porcs testés en station et des 81 pères et mères  de porcs testés en station ont été versés dans la base de données du CCAP à des fins d’analyse. Du stade de la pouponnière à la fin du stade de croissance, un suivi individuel des porcs a été effectué au cours des tests en station à l’aide  de méthodes électroniques d’identification. Au total, on a pu  recueillir les données de croissance et d’ingestion alimentaire  de 671 bêtes durant leur test en station. Des données de  635 bêtes testées en station ont été incluses dans des analyses subséquentes; un total de 635 bêtes furent abattues  en lots sur une période de six semaines. Les données sur  les caractères relatifs à la carcasse et à la qualité de la viande  furent enregistrées à l’abattoir. Les caractères relatifs à la carcasse  comprenaient : le poids reconstitué de la demi-carcasse, la surface d’œil de longe, la longueur de la demi-carcasse, le poids de la patte, le poids de la longe, le poids de l’épaule, le poids de l’abdomen ainsi que le rendement en viande  de la patte, de la longe, de l’épaule et de l’abdomen. 

Sur les porcs testés à la station de Deschambault, des scores  de conformation ont été notés pour les caractères suivants : nombre de tétines fonctionnelles, nombre total de tétines, locomotion, scores pour les pieds et membres (y compris les paturons et onglons) ainsi que scores pour la conformation du jambon et de la longe. Au total, plus de 15 caractères liés à la conformation ont été évalués. Lors du test en station, on a enregistré des scores de conformation pour un total de 636 porcs, répartis comme suit : 194 Duroc, 196 Landrace et 246 Yorkshire. Pour 1592 sujets apparentés aux porcs testés en station, des données étaient disponibles pour le nombre de tétines, des comptes ayant été faits à la ferme.  
   

 

Des données sur la productivité des truies ont été recueillies sur les mères, les sœurs propres et les demi-sœurs des porcs testés en station. Un total de 29 323 relevés de portée recueillis à la ferme sur 5060 femelles apparentées (mères, demi-sœurs et sœurs propres) ont été versés dans la base de données du CCAP. On s’attend à ce que le nombre de portées pour les mères, sœurs propres et demi-sœurs continue à augmenter au fur et à mesure que le projet progressera.  

Des mesures de qualité de la viande ont été prises à  l’abattoir sur 622 porcs testés en station et les résultats ont été versés dans la base de données du CCAP. Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) a prélevé à l’abattoir des tissus musculaires sur les carcasses dans les 48 heures suivant l’abattage. Les paramètres mesurés au Centre de recherche et de développement sur les aliments (CRDA) sont : potentiel  glycolytique du muscle; activité des enzymes citrate synthase,  lactate-déshydrogénase et malique; indice de fragmentation  myofibrillaire; force de cisaillement; perte d’eau, de même que des analyses proximales pour les taux d’humidité, de gras et de protéine. Les analyses sur les échantillons de viande  des porcs du test 27 (n=329) ont été faites pour tous les paramètres cités plus haut. Les analyses des échantillons de viande des porcs du test 28 (n=295) sont présentement en cours; les analyses de force de cisaillement et de potentiel glycolytique sont terminées. 

L’indice de fragmentation myofibrillaire a été mesuré sur 133 porcs, tandis que les analyses proximales pour les taux d’humidité, de gras et de protéine ont été effectuées sur 115 des 295 porcs du test 28; les analyses d’activité enzymatique ont récemment démarré (10 porcs testés sur 295). La détermination du type de fibre musculaire (I, IIA, IIX et IIB) a été effectuée chez 78 porcs qu’on avait cernés comme candidats potentiels pour les analyses d’expression des gènes.   

Les résultats de génotypage de huit SNP situés sur les gènes ADIPOQ, ADIPOR1 et ADIPOR2 de 622 porcs testés en station ont été reçus au CCAP et versés dans sa base de données.  

Les porcs testés en station ont été génotypés pour des marqueurs connus (CAST, PRKAG3, MC4R, CPT1A, ESR, CCR7, HMGA1 et IGFBP1) et les résultats ont été versés dans la base de données du CCAP en juillet 2011. Les analyses préliminaires des données des SNP recueillies à partir du panel 64 k ont été menées. On a fait des recherches sur les fréquences d’allèles mineurs des SNP, sur l’équilibre de Hardy-Weinberg, de même que sur le déséquilibre de liaison entre les SNP au sein des races sous étude. 

Les documents suivants ont été préparés pour divers congrès et réunions :  
  • Affiche et résumé intitulés Potential Application of Genomics for Improving The Quality of Canadian Pork, présentés au Symposium annuel du Conseil des viandes du Canada (4 au 6 mai 2011), à Halifax, en Nouvelle-Écosse 
  • Affiche et résumé sur l’application des évaluations   génomiques sur la race Yorkshire, présentés à la réunion de la Fédération européenne de zootechnie (29 août  au 1er septembre 2011), tenue à Stavanger, en Norvège  
  • Affiche et résumé intitulés Development of New Genomic Tools to Improve Meat Quality Traits and Production Efficiency in Pigs, présentés au congrès de Livestock Gentec, tenu en octobre 2011 en Alberta 
  • Résumé intitulé Genomic Evaluation for Litter Size in Canadian Yorkshire Pigs, soumis pour le congrès de Plant and Animal Genome 

Les approches en matière d’évaluation génomique ont été étudiées et des analyses préliminaires d’association pour ce qui est du gras dorsal au sein de la race Yorkshire ont été menées en utilisant les données de SNP recueillies à partir du présent projet et de projets de recherche antérieurs. D’autres analyses préliminaires ont été menées pour la race Yorkshire en ce qui a trait au nombre de porcelets nés.

 

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